宋孝武帝在扶持佛教的同时，也努力将佛教的发展规模置于自身的掌控之下，其重要手段之一乃对僧人剃度权力的把持。僧人慧益烧身之事，孝武帝曾令太宰刘义恭至其置键之所劝阻，然而，慧益“雅志确然，曾无悔念飞并言：“微躯贱命，何足上留。天心圣慈罔己者，愿度二十人出家。”孝武帝“降赖即许。”慧益寂灭后第二孝武即“为设会度人”气据《高僧传·释法镜传》，法镜“幼而乐道，事未获从。值慧益烧身启帝（即孝武帝〉，度二十人，镜即预其一也。事法愿为师。”又《续高僧传》卷五《梁杨都建元寺沙门释僧韶传》云“时建元又有法朗，兼以慧学知名…家遭世祸，因住建业。大明七年（年），与兄法亮，被敢绍继慧益出家。初住药王寺。”可知慧益之后孝武帝确实履行了其度二十人出家的诺言，法镜、法朗、法亮即受剃度得以出家。然而，由慧益以焚身之举却仅换得二十个度僧名额，可知当时对度僧人数限制之严格。
此外，《高僧传·释慧重传》载慧重“侨居金陵。早怀信悟，有志从道，愿言未遂，己长斋菜食。每率众斋会，常自为唱导。如此累时，乃上创于宋孝武。·大明六年（年）般为新安寺出家，于是专当日昌说。”句又《南齐书·悻臣·茹法亮传》云：“孝武末年作酒法，鞭罚过度，校猎江右，选臼衣左右百八十人，皆面首富室，从至南州，得鞭者过半。法亮忧惧，因缘启出家得为逼人。”此二例中，俗众出家乃奏请阜帝批准后方得实行，度僧权牢牢掌控于帝王之子。
关于僧人之剃度，有学者指出，＂魏晋之世，女尼出家、男僧剃度，概不由官府，寺院的大门是敞开的，何人愿意出家，何时剃度，皆取决于出家者及剃度师的个人意愿…到后来官府渐次剥夺了僧团的自由剃度权，从而出现了所谓的‘公度’，能否剃度及剃度后配住何寺，皆决定于官府，某时某地的剃度名额得受中央*府指令。”引诸则资料说明宋孝武帝时民众不能随意出家，所谓“剃度师”亦无权决定，僧人之剃度需要得到皇帝的放令才能执行，＂敖度乃是最高的公度，黑帝不仅批准其出家的请求，且为其配住了寺院，由此可知当时的公度制度已很完善了。
与剃度相对的乃所谓还俗，孝武帝曾以行*权力强行命令僧尼还俗。《宋书·徐湛之传》云：“时有沙门释惠休，善属文，辞采绪艳世祖命使还俗。本姓汤，位至扬州从事史。”回此为僧人还俗后涉入仕途之例。又有前述法愿，僧传云：愿后与刺史共欲减众僧床脚（按：意为减少僧人的人数），令依八指之制。时沙门僧导独步江西，谓愿滥匡其士，颇有不平之色，遂致闻孝武，即救愿还都。帝问愿何诈莱食，愿、答：“菜食已来十余年。”帝敖直罔沈攸之强逼以肉，遂折前两齿，不回其操。帝大怒，敖罢道。作广武将*，直华林佛殿。愿虽形同俗人，而栖心禅戒，未尝亏节。有顷帝崩，昭太后令听还道。孝武此举实乃荒唐，竟至“强逼以肉”，后又强行让法愿、“罢道”（即还俗），并让其担任广武将*当值与华林佛殿。法愿后来得以“还道”亦得自昭太后（即昭路太后，孝武帝母）之令，可见世俗帝王权力对于佛教事务之渗透。
宋孝武帝时亦有僧官之设，且相关制度更加完备。首先有都邑僧正或都邑僧主之设。孝武帝先教令新亭寺法颖为都邑僧正。据《高僧传·释法颖传》记载，孝武帝南下时，改治京都之新亭寺，“以颖学业兼明，敢为都邑僧正”。法颖于元嘉末年驻锡于新亭寺，史载其“以律藏知名。研精律部，博涉经论”。由此，都邑僧正乃任职于京师，其职责当为负责京师一带之僧务，对于佛教戒律学之精通自当成为担任此职所需具备之重要素质。
孝武帝又教令中兴寺道温为都邑僧主。据僧传，道温“孝建初被收下都，止中兴寺。大明中较为都邑僧主。”此都邑僧主即孝武帝敬令所设。僧传又载，大明四年，路太后于中兴禅房设斋，“温时既为僧主，乃列言袜陵白：……（即异僧慧明及中兴寺改名天安寺一事，详见前文，此处从略〉温后累当讲任。禀味之滨，填委相属，精勤导物，数感神异。”其中“温时既为僧主，乃列言袜陵曰”一句尤可注意。秦始皇时曾置袜陵县，治所在今江苏江宁南袜陵镇（今属江苏南京郊），东晋元熙元年（年）又移治扬州府禁防参*署，在当时属晋、宋京师范围之内。由此，道温作为僧主有责任记录其所辖地区之僧史大事，而其所辖地区即为袜陵。则所谓都邑僧主即为负责京师地区僧务之职。又由其“累当讲任”、“精勤导物”，可知作为僧主亦负有讲经说法，宣扬佛义，教化民众之责。
据《高僧传·释僧瑾传》，“先是智斌沙门，初代罢岳为僧正，斌亦德为物宗，善三《论》及《维摩》、《思益》、《毛诗》、《庄》、《老》等”气则担任“僧正”之罢岳与智斌均为以德行著于当世者，可知僧正之重品行也。此外，孝武帝还敏令僧琼担任僧正。僧琼“总锐众经，尤明《十诵》，兼善史籍，颇制文藻”，“学兼内外”且“律行无疵”，初住于吴虎丘山，“宋孝武钦其风闻，敢出京师为僧正、悦众，止于中兴寺。”僧传又云：时有沙门僧定，自称得不还果．琼集僧详断，令现神足．定云：“恐犯戒，故不现。”壤案律文，有四因缘，得现神足。定既虚谊事暴，即目明摸。琼仍著《诫众论》以示来业。僧正、悦众即为僧官之属。观文中所载，则宋孝武之教僧塘、为僧正、悦众或因其自身学识之广博、律行之高洁、及对律学之精通、对律法执行之严格，同时也表明佛法戒律己成为当时僧俗两界端肃僧纪之重要手段。