一别四载归来，善导大师信心倍增，即萌在悟真寺创立净土宗业奢想。他深入藏经阁内，细检净影慧远与寺主净业有关净土论义，翻阅慧超与法诚所传九品往生讲记，查看慧思、智顗与吉藏事涉弥陀净土著疏，偏依昙鸾净土之说与道绰称名念佛，遂立《观经》、《寿经》、《弥陀经》与《往生论》等三经一论为宗学正依经典。时之净土文义，诸说杂乱，异论纷出，先贤大德，各有所见。为此，大师燃灯续明，夜以继日，先出《观经四帖疏》四卷，解疑《观经》要义，作为正宗教理，以楷定古今。续出《往生礼赞偈》一卷、《西方净土法事赞》二卷、《观念法门》一卷、《般舟赞》一卷，述说行事仪式，作为正宗行义，以规范宗法。贞观二十一年七月，慧远突染疾患，不幸辞世。临终之时，将后事委付启芳与大师。大师以博学多才，品行不群，受启芳等人所推，为寺院僧众相拥，担任上座，遂开创宗立业之举。创立终南山净土正宗法门，并非等闲易事。悟真寺虽为长安独著之净土名刹，但主要流派却是依《法华》、《般若》二经，以般舟行道为其净土教门特色。与庐山东林寺相近，修行禅观证悟，求得生死超脱，法门惟益上流社会。而转依净土三经一论，修行称名念佛，法益大众凡夫，自须间以时日。
正是如此，大师决定整饬寺规，改革管理，按原有寺院群落分布，设立上方修观、下方弘法之两院体制。上方北院与南院作僧人静修观念之处，下方玉泉寺改设下院，作为面向大众说法之所，山北寺改作山北道场，专行净土法事。大师法义以称名念佛、乘佛愿力为往生净土捷路，方便之门则向大众凡夫敞开。这一新义已与己往不同，故在下院玉泉弘开讲席，传扬《观经》要义，广布四帖疏理，进而推出新立净土正宗。
为使念佛法门弘传天下，大师以信众布施所得，亲自带头并组织笔工文匠，大量书写净土经卷及有关论疏赞偈，广赠各地僧侣与受法道俗。念佛法门要义，更随同经文施赠，一起广行流传。
较大师入寂早十四年的道宣律师，在《续高僧传》中记载，大师“写弥陀经数万卷”。北宋戒珠撰《净土往生传》，言大师“写弥陀经数十万卷”。随后王古重修，又作《新修往生传》,云：“写《阿弥陀经》，十万余卷。”如今*高昌国故城发掘，见有大师所写《阿弥陀经》残片，甘肃敦煌文献亦有《沙门善导愿往生礼赞偈》，足以证明大师写经事迹并非一时风传。与之同时，大师又画净土变相图本，亲自操笔着彩，在山北道场墙壁作净土变相壁画。以强烈的因果报应色彩，唤起四方民众善知，激发士庶百姓心向西方净土。净土变相画成，道场更添庄严肃穆。游者闻讯，蜂涌而至，莫不赞叹，西方净土奇妙。为恶者睹，阿鼻地狱，历劫诸苦，但觉毛骨憟然，心生敬畏。
山北道场，本是朝廷超度为国捐躯亡灵之处，大师奏报官府，广开净土法事，面向士庶百姓设忏救度，祈愿冥福，灭罪现报。由此，四方之众，争相趋附，期得救度，念佛往生。乡俗民风，皆因普受教化，心向佛门，从善如流。射猎之人，畏罪改业，另谋生路；作孽之徒，忏悔罪业，洗心革面。
悟真寺遂以念佛道场之胜，而名扬京畿，为世人