佛教认为，佛菩萨或高僧大德圆寂后，可得舍利。《玄应音义》载：“舍利有全身、碎身之别”。全身舍利是指高僧示寂后，其身体经久不烂，常保原形而栩栩如生者。碎身舍利指高僧大德荼毗（火葬）后的遗骨。
我们所说的肉身菩萨，就是佛教所说的全身舍利。《金梵明经》载：“舍利者，是戒定慧之所熏修，甚难可得，最上福田”。戒定慧之所熏修，就是佛教对肉身不烂的解释。
在佛教佛菩萨或高僧大德圆寂后，遗体开放给各界祭悼，祭悼完毕，则进行防腐处理，将遗体直接存放于坐缸之中。三年后再行开缸，如果缸内的活佛颜面如生，肉身不腐，他们就会再被塑成金身，成为“肉身菩萨”。
肉身菩萨为何如此之少
1、修行结晶
纵观现存的肉身菩萨，其生前无一不修持严谨。他们虽表现各异，有的深山苦修；有的入世行医；有的疯傻颠倒相；有的治身心于一处，一站就是三年。虽然他们修行的方式不一样，但都应机说法，利乐众生，外现凡行，内存清净。
由于他们严谨的修持，使他们的心体广大，内心清净。心无污染，行为自然高尚，他们的身体机能也随之发生了变化，潜能显现，灵异显现，有的能示现神通。这种身心的变化，是无比复杂而神奇的，戒定慧之所熏修，是佛教对肉身菩萨现象的基本解释。
2、修行者的愿心
在教内，修持严谨的高僧大德非常多，但肉身菩萨为什么这样少呢？这与修行者的愿心有直接的关系。许多高僧在圆寂时，嘱咐将遗体火化，“四大皆空，不着于相，留个臭皮囊干什么？”这是大多数修行者的观点。
至于这些肉身菩萨，他们在圆寂前嘱咐保留遗体，完全是慈悲度生的愿心。八万四千法门度八万四千种众生，这些肉身菩萨在上求佛道，下化众生的共愿之中，又发下别愿，留此肉身，以身弘法，以身说教，以身度尘，这是接引众生的一种方便。因为有些人，在看到木雕泥塑的佛菩萨时，不能产生恭敬心，认为那是假的，但在看到肉身菩萨时，觉得可亲可近，内心震撼，认为那是真的，愿意供养皈依。所以有些高僧在圆寂之前，发愿要留下肉身，顺应众生。正因为如此，从古到今，肉身菩萨不断出现。