玄奘法师于唐麟德元年（公元年）圆寂，当时“四俗以之悲凉，七众惜其沉没”（《续高僧传》），高宗也为之废朝数日，前后五下敕书经营丧事，敛以金棺银椁。在葬日，长安及各州五百里内送者百余万人，宿于墓所者三万余人。当时被安葬在长安城东白鹿原上，总章二年（公元年），又把法师的灵柩迁葬到樊川北原，建5层砖塔葬之，并建寺以示纪念，后来的唐肃宗曾来该寺礼拜，题塔额“兴教”，从此这座寺院就以“兴教寺”命名。
唐代中后期，黄巢起义，兴教塔被毁，直至宋仁宗天圣五年（公元年）南京天禧寺和尚可证法师在陕西终南山紫阁寺发现了玄奘法师的头顶骨，顶骨遂被移葬南京，可证法师在天禧寺东岗建了一座石塔，安放顶骨，明代在建大报恩寺时，又被移至后山的三藏塔内。以后因日久而一代圣骨不知所踪。
在日本侵华战争期间的年，日军在南京中华门外建稻垣神社时，在报恩寺的旧址上发现了一个大石匣，里面有珠骨17粒，上面刻有模糊不清的文字，经过专家鉴定，为玄奘法师的灵骨。于是，他们将其偷偷运回日本，但是“要想人不知，除非己莫为”，这一消息很快传遍了南京和全国，许多的仁人志士都提出强烈的抗议，在强大的压力下，汪伪政权被迫派白隆平到日本交涉此事。在这种情况下，日方勉强答应将石匣内的灵骨一分为二，一半留在日本，在东京都约50里外的崎玉县的慈恩寺建塔供奉，另一半则由白隆平带回中国。抗战胜利后，在大陆已知的三块玄奘法师灵骨分别由北京的巨赞法师，广东的虚云法师和四川的能海法师迎请回寺供奉，以后这三块灵骨都迁入了兴教寺。
年，日本把留存的一部分玄奘法师灵骨送至台湾，这些灵骨先被安放在新竹县狮子头山的开善寺，年建立玄奘寺，玄奘法师灵骨移放玄奘寺之楼塔之中。
年10月，在纪念玄奘法师圆寂周年的纪念仪式上，以日本高田好胤长老为团长的日本奈良药师寺友好访华团把一部分流落到日本的玄奘法师顶骨交还兴教寺主持常明法师，重新供奉在玄奘塔内。这样，除在台湾玄奘寺内的部分法师灵骨以外，其他都全部安寝在陕西兴教寺内。