万历一朝，在五台山大建寺院，重建和新建的寺院就有10余处：万历七年(),修了大塔院寺和大白塔，举办了无遮和饭僧大法会。万历二十六年(),修复了五个台顶狮子窝等处，在狮子窗兴建了洪福万寿藏经阁举行了弘福万寿报国佑民吉祥大斋，并在澡浴池举行了大施会。万历二十七年(),在旧路岭龙泉寺重建了万圣阁，在五座台顶作了祝延圣寿道场。万历三十四年(),敕建了护国圣光永明寺，建了铜殿铜塔，举行了盛大法会。以后，还多次遣使至五个台顶进香，敬施茶米等。如前所述，万历朝在五台山大做功德，这和立储有一定的关系。有意思的是，由于朱常洛和五台山感情特殊，万历四十二年(),册立为太子的他，还专门为北台照白和尚的《圆通妙道华严真经》,写了御制序。
塔院寺
在万历中后期，神宗皇帝和太后之间，似乎确实闹得有点很不愉快。使人不解的是，神宗疯狂地报复皇太后尊崇的两位高僧，以莫须有的罪名使他们遇害，也没见慈圣皇太后出来说一句话，这以她的性格颇使人难以理喻。早先时有个御史曹学程，因为劝谏被判死刑，太后得知他家有老母时，便出来讲情说：忠臣出于孝门，他能孝其母，亦能忠其君。虽然有错，念其不恶，就免其一死吧!结果神宗赦免了他的罪。那么，在憨山、真可遇害时，太后恐怕已经是无能为力了吧，以后也没见她露面。据说，她晚年只是埋头烧香，不问朝政。
在五台山，僧人们倒是尊李太后为九莲菩萨，还留下了许多关于她的传说。相传，李太后曾拜妙峰为师，问他：如何能保江山久长?妙峰祖师说：一是建寺造塔，二是修桥铺路，三是供养三宝。于是太后依照妙峰的开示，在横隔定襄、五台两县的滹沱河上，架起了济胜桥。还传说妙峰祖师建造铜殿时，急需10万斤生铜，太后遂至三塔寺，拜访得道高僧了尘和尚。了尘和尚入定，探测到三塔寺下藏有丰富铜矿，妙峰派人开采冶炼，才解决了所用铜料。而塔寺下原先平坦的土丘，就被挖下了一条深沟，也就是今日铜沟的来历。
大白塔
狮子窝也流传有一个故事：说那一日，李娘娘在九莲座上打坐，只觉得飘飘荡荡来到一处，见一座玲珑大宝塔耸立眼前，塔前有两个绿毛狮子聆听文殊说法。娘娘从梦中醒来，便亲自来五台山查访，当寻到狮子窝处，见石狮和大宝塔，和她梦中所见一样，因此发愿重建了寺中的万佛大宝塔。史料记载的是，万历二十六年，朝廷遣官至此，输银千两，新建了万寿藏经阁，赐额大护国文殊寺。寺中的琉璃万佛大宝塔，为万历二十七年兴建(),为八角十三层，密檐式，高有35米，塔身镶嵌着琉璃佛像万尊，故名琉璃万佛宝塔(五台山珍贵文物)。狮子窝重建后，慈圣皇太后敬重该寺高僧镇澄法师，特赐《大藏经》一部，安奉于十方净土禅院。
狮子窝万佛塔
镇澄法师(字月川，号空印)是今北京市人，15岁在山西广应寺出家，七年寒窗，成就了一位早熟的僧人。万历十年，妙峰和憨山举办为国祈储大法会，镇澄法师被妙峰邀请至山，并在饭僧大法会开讲《华严》,憨山便劝他留在了紫霞兰若。万历十四年，僧人智光、净立53人在狮子窝结净土莲社，镇澄法师和道友雪峰光禅师也顺应潮流在狮子窝创建了十方净土禅院。一时大德高僧云集这里，大家公推镇澄法师开讲华严义理，义学僧人纷纷慕名而至，僧侣多时达数百人。镇澄法师还撰写了《狮子窝十方净土院规约序》,使狮子窝最终成了闻名的十方净土寺院，五台山从此形成了十方、子孙庙并居的格局。妙峰祖师在显通寺安奉铜殿时，镇澄法师又以第一座主在法会上讲解《华严》,故而深得李太后的赏识，后来还命他去京都讲学弘法。镇澄法师在五台山度过了53个年头，讲经弘法，修复了狮子窝、竹林寺、南台三座寺宇，著有《楞严正观》和具有很高佛学价值的《物不迁正量论》等。镇澄法师还是一位很有才华的诗人，留下了大量诗作。他对五台山的最大贡献，是为五台山写下了《清凉山志》10卷，这部资料丰富，记述详实的志书，对了解、研究和开发五台山，发挥了巨大作用。这位学有所成、持戒严谨的高僧圆寂后，万历皇帝为其敕建了应身塔，憨山大师撰写了碑铭。
龙泉寺
五台山台怀镇西8公里处，有一座寺院叫凤林寺，据说也是李太后所建，流传着一个饶有兴味的故事：说在明朝嘉靖年间，祁县来了一位彻天和尚(名德胤),他为了在此兴建一处道场，贪早摸黑，爬山涉沟，每天外出化缘。平日粗茶淡饭，舍不得花掉一个铜子，每有所得，尽数藏于庵中。这时，附近的几个小毛贼，得知彻天和尚积了很多东西，一日夜里，闯进庵中，就要行窃。只见正在打坐的彻天和尚笑着说：我知道你们要来，早就给你们准备好了。几贼正迷惑不解，彻天和尚站起来，便拿出粮食，分给他们每人一袋，又分赠给他们一些银钱。几贼拿了钱粮就要出门，猛见山门左右，各蹲着一只老虎，吓得急返回庵里，连连失声说：有虎，有虎!彻天和尚说：圣地佛门，哪有什么老虎?便亲自送他们出院门，几贼回头再看时，见山门左右，原来是两块石头。众贼觉得奇怪，便问彻天和尚，彻天和尚笑着说：那老虎原来在你们心中呀!然而自这件事后，人们便说彻天和尚是得道神僧，故有二虎为他守护把门便称他为二虎禅师。附近的一些穷小毛贼，也再不敢来侵扰了。四方百姓纷纷慕名前来布施，彻天和尚便很快建起了寺庙，成为风林寺的开山祖师。这里需要指出的是，故事中说的小毛贼，实际上是附近穷困已极的山区佃农。彻天和尚久住这里，深知民间百姓疾苦，故有小贼来偷时，他以佛家弟子的慈善心态，主动拿出克勤克俭节省的钱粮，接济他们，展示了僧家崇高的济世情怀。
凤林寺
彻天和尚的另一个故事，却与李太后有关。相传那一年，李娘娘来到五台山，不慎偶感风寒，患了偏头痛病，却是昼轻夜重，吃什么药也不见好。当时凤林寺附近有个巫婆，她见凤林寺香火相当旺盛，而自家门前却人迹冷落，欲加害二虎禅师，便向李娘娘进言说：凤林寺有个妖僧，他经常手敲木鱼，口诵邪咒，害人生病遭祸，娘娘此病由此而来。李太后于是派中使和侍卫到凤林寺，侦察二虎禅师行动。一进禅房，见二虎禅师正在打坐，头上冒出一团亮光。正要动手拘押，只见二虎禅师击了一下木鱼，从定中出来说：贫僧在定中得知，娘娘在此偶感风寒，故而患了偏头痛病。如今贫僧情愿为娘娘医治，若要诊治不好，任尔等处置便了。说完，便开了药方，并把在山中采集的药材献上。中使带了二虎禅师的药方，李娘娘连服了两剂那偏头痛立即就好了。于是为了答谢二虎禅师，李娘娘舍钱重建了寺宇，还把附近庄田划归该寺。李娘娘回到京城，万历皇帝听了这事，立即派人用辇迎请禅师入京，接受皇封供养。不想二虎禅师出了寺门，坐辇没走多远就圆寂了。万历皇帝母子俩听到后，非常悲痛，就在禅师圆寂处，建了舍利塔。这个7米高的密檐式砖塔，就在寺东南百余米处。
三塔寺
且说万历三十四年后，李太后为方便人们到五台山拜佛，曾命妙峰祖师在河北保定建了一个接待院，这个接待院就辟为凤林寺的下院，额名为大慈宣文寺。据该寺碑记载，万历年间，圣母圣宣文明肃皇太后,在五台山建成凤林寺后，以台山去京千里，山深数百里,就在保定府满城县方顺桥边，置接待院一所，额名大慈宣文,憨山大师曾为此作《修大慈宣文寺碑铭》,现录其中一段：
卓彼清凉，惟圣道场。群灵窟宅，爰枕北方。
外护藩篱，内拱神京。珠宫梵宇，随处丛林。
惟我圣母，育成帝德。凡所施为，无非为国。
建此名蓝，以延梵侣。从十方来，如云若堵。
从碑铭文字看，这处接待院对传播佛法来说，确实不可小视，当时五台山的佛教，也确是出现了僧俗如云若堵的景象。它也从一个侧面，证实了李太后在五台山兴佛，煞是费了一番苦心。需要指出的是，李太后还于万历二十七年，在五台山东门的旧路岭龙泉寺(进入五台山的山隘口),复建了万圣阁。如今在菩萨顶的一号大铜锅(万历二十九年铸造，高1.1米，直径2.04米),就是从旧路岭中弄去的。
竹林寺
关于旧路岭龙泉寺的兴建，还有一段辛酸的故事。《清凉山志》中说，明代五台山华严宗僧人慧定(俗姓邵，字无尽，为今山西长治县人),因自小不乐俗务，剃度出家。此人生得体貌奇伟，两眼亮如电光，性格豪爽，力气过人，故人称莽会首。因他久慕台山灵境，便来山参谒诸大德长老，不久深悟佛法。一次，慧定巡游到南台，他在礼拜智慧文殊菩萨时，曾发下大愿说，愿供饭僧十万八千人。他于是亲自种菜，作务粮食，供养五台山僧人。千日满愿后，声震丛林，众僧侣十分敬服。以后无论他游走到何寺，大家都挽留他常住，但莽大师说：”易处不住，住处不易。原来，这莽大师颇有志向，他想凭借自身力量，亲自建一处丛林。后来莽大师游走到龙泉关旧路岭，见当年的龙泉寺已成一片废墟，遂在废墟上结茅以居，准备在此重建道场。
那一日，莽大师外出化缘，待他回来时忽见茅庵内狼藉不堪。原来，这旧路岭在嘉靖初年，已有盗贼。他们聚散无定，常常盘踞关隘要路，凡是过路之人，都要留下买路钱，动辄还要劫掠当地良民百姓。当时驻守龙泉关的官兵，也懒得去得罪他们。因此，使这一公害长期横行，扰得行路之人性恐害怕，只好等待数人结队，才敢过关。且说莽大师同几位僧人，在此立庵而居，这伙盗贼便存了窃心。只是打听到莽大师力大无比，又见他们刚立灶烟，没什么油水，才没有动手。后来渐渐觉得有利可图了，便趁大师外出之机，一举拥入，在庵内的三四个僧人，见强盗来势凶猛，逃走之间，已被打得煸体鱗伤。
南台
再说莽大师回到庵中，见庵舍被翻了个一塌糊涂，所积建寺钱物，已尽被劫去。又见一两个鼻青脸肿的僧人，哭着返了回来，遂大声说：死生有命，何惧盗贼!过了不久，那伙盗贼又至，莽大师时手无寸铁，急忙从地上搬起一个瓦坛，只听咣当一声，那坛子就在贼群中爆裂，一个盗贼应声倒下。众贼抹一把脸上的碎屑，纷纷后退，他们见莽大师只身一人，身边没有任何武器，遂放胆逼了过来。一个盜贼乘机一抢刺中莽大师左胁，莽大师忍痛以腕扼枪，顺便飞起一脚踢倒盗贼，夺过枪来刺死一贼。众贼见了大惊，急忙退避隐匿。莽大师遂入方丈室，见伤口有三寸余，肠脂俱出，血流不止，便用手将肠脂填人体内。又找来一些棉布，裹缠停当，便持枪复出，厉声喝道：正想捕灭汝辈，不想今日前来送死!众贼见莽大师怒不可遏，那里还敢进前，只是远远围定，并把早积好的片石飞弹齐抛将过来。莽大师躲闪不及，被一块飞来的流石击中头部，倒地滚落涧中。好在这时，龙泉关郑兵统率兵赶到，才把气息奄龟的莽大师救了上来。
再说莽大师康复后，决心要除掉这一公害，他从各地集结了53位轻死奇士，大家舞枪弄棒操练一番，遂联合龙泉关守兵，一举灭了这个盗贼团伙，后在龙泉寺安立了十方从
林。万历五十年，莽大师圆寂(世寿76岁)时，将从林交给北京因明寺的大智宗主(召来灭盗贼的全公)，他承当莽大师重托，先公后私，励精图治，使龙泉寺成为当时一大从林。
显通寺
从这里可以看出，五台山在明代，确实涌现出一大批优秀僧人，他们或德载天地，济世利人，或舍生忘死，捍卫道场，为世为法，业绩卓绝。需要提及的另几位高僧，就是兴建普济寺(碧山寺，代王成炼捐助建造)的诗僧孤月禅师，居于车沟的法兄弟宝印禅师和楚峰、玉堂和尚(后宝印居龙树庵，楚峰居秘魔岩)。还有大巍净伦、无边和瑞峰禅师，他们都是名被四方，对五台山有贡献的高僧。其中被称为中兴律祖的如馨律师，在五台山为神宗替身内臣张然受了菩萨戒，神宗赐号慧云禅师。如馨律师在五台山显通寺说法三年，遂使五台山律学大兴。其后，他的弟子(显通寺僧人)远清律师接替了师父法席。如馨律师圆寂后，万历皇帝非常眷念，令人绘了图像，供于大内，并作赞曰：
瞻其貌，知其人。入三昧，绝六尘。昔波离，今古心。