在明代，武林中人传言少林棍法为神所授，此神即紧那罗王神。紧那罗王在佛教神话里属于天龙八部之一，为音乐神。《七佛八菩萨大陀罗尼神咒经》列举的十数位伽蓝神大多与焚音、焚响有关，这也许是少林僧人将紧那罗王神附会为护法神的原因之一。
紧那罗王神为喇嘛教所推崇。元代时，由于蒙古上层统治者信奉喇嘛教，元初的少林寺主持福裕在寺内殿中供奉了紧那罗王的神像。清初书籍《说嵩》追述元朝皇后光临少林寺时，看见此像“形象丑怪”，不禁心生憎恶，以手帕掩面而过。此像神情虽然与人相似但头上有角，“裸体执棍”“灵活欲动”，的确与众不同。值得注意的是，明正德年间竖立的《嵩山祖庭大少林寺那罗延神护法示迹碑》的碑文中，把护法神那罗延神的形象由传统常见的手持金刚杵改为手执棍子，这一细节可能是那罗延神信仰与紧那罗王神信仰混淆的明证。这一内藏玄机的转变，或许是因为少林寺闻名于世的棍法里，有一些招式传自喇嘛教僧人。众所周知，少林实战功夫中，棍法历来享有盛誉，不过，其在明代以前的师承已很难考究。而在明代，广受推崇的擅用棍者是元末吓退红巾军的厨务僧人，明万历年间编撰的《少林棍法阐宗》在论及少林棍的来源时，就引述了厨务僧人吓退红巾军的传说。不过，书内说“若知退红巾军者耶？乃观音大士化身‘紧那罗王’也”。在这本书中，紧那罗王神信仰已经代替了那罗延神信仰。书中还暗示紧那罗王的棍法此后仍存于世，因为寺僧“演其技不绝”。这些言论意味着，少林棍法得自传说中的紧那罗王。特别需要注意的是，该书还说“嗣有哈嘛师（指“喇嘛僧”）者，似亦紧那罗王之流亚”，即把明代中期在少林寺活动的一位喇嘛僧视为紧那罗王的后裔，并说这位喇嘛神僧在寺内的紧那罗王圣坛上秘密传授拳棍之术，而受教的弟子是一位法号叫匾囤的少林僧人。该书的作者程宗猷亦是武林中人，他在少林寺学艺十多年，故他的叙述颇具代表性。
少林寺在明代与喇嘛僧结缘事出有因。从明初开始，出于怀柔西藏的需要，朝廷相继对藏区喇嘛教各教派的领袖一一予以安排，封了不少王、法王以及世俗王，随着时间的推移，越来越多的喇嘛僧到内地活动、传教。明宪宗、明孝宗、明武宗等多位皇帝对这种来自边陲的文化十分感兴趣，其中明武宗在位期间，不但在宫禁修炼喇嘛僧传授之法，还于正德五年（年）做出惊人之举，一下子封了4个喇嘛僧为法王。这还不算，《明实录》记载，年轻的皇帝甚至于同年六月铸金印，自命为“大庆法王”，可见对喇嘛教的推崇已到了极致。流风所及，喇嘛僧在社会上变得更加活跃。直到明武宗死后，朝廷才重新调整以往重用喇嘛僧之策，革去了不少滥封的法王等称号，通过种种措施使喇嘛教回归正常的文化交流范围。不过，少林寺主持古梅著于弘治年间的《塔铭》，透露在喇嘛教盛行期间，曾有一位“西天梵僧（指喇嘛僧，名叫道源）”在少林寺进行“助缘”等宗教活动，极受尊重。此人就是前述《少林棍法阐宗》所载在寺内传授棍法的喇嘛僧。看来，喇嘛僧的确曾在少林寺传授棍法。由于喇嘛僧被视为紧那罗王的后裔，所以其棍法得自神的传说更容易让人相信。这类说法并非《少林棍法阐宗》独创，俞大猷在撰写的《新建十方禅院碑》中叙述自己于嘉靖年间访问少林时，提到一句意味深长的话：“昔闻河南少林寺，有神传长剑技。”俞大猷提及的“神传长剑技”是指神传棍法，因为俞大猷常用“剑”代称“棍”，他写过一部《剑经》，其实就是专讲棍法的。而所谓“神”，如果附会为紧那罗王神，那么表明至少在嘉靖年间已经流传着这种说法了。需要指出的是，少林棍法除了吸收喇嘛教僧人的招式之外，还得到过俞大猷的指点。俞大猷武艺高强，他在《新建十方禅院碑》里回忆了访问少林寺的经过。嘉靖三十七年（年），俞大猷因未能及时围歼舟山一带的倭寇而被言官弹劾，后被调往山西驻防。到了嘉靖四十年（年）七月，他又奉命前往江西指挥闽、广之兵，以讨伐活动在广东饶平地区的叛乱分子。在南下途中，出于以武会友的目的，他访问了少林寺，这可能是他过去在东南沿海抗倭时，对参战的少林僧兵颇感兴趣，故顺道拜访这座名刹，以便进一步了解少林功夫。
然而，他对精于棍法的武僧的表演不以为然，并对嘉靖年间出任少林寺主持的小山说，少林棍法虽因“神传”而名扬天下，可惜“传久而讹”，“已失古人真诀”。小山希望俞大猷能“示以真诀”，向众僧传授更上乘的棍法。俞大猷回复说，此非“旦夕可授”，况且僧人领悟棍法也需要一段时间。经过商议后，俞大猷采取变通之法，从寺中选了两名叫普从、宗擎的僧人随他到前线，由他抽空悉心教导。数载之后，两僧学有所成，皆得“真诀”，虽未能达到“得心应手之神”，但技艺已十分高超了。俞大猷还在《诗送少林寺僧宗擎》的前序中称，宗擎学成而归后，将棍法传之寺中，受惠者近百人。
俞大猷在所传棍法的《总诀歌》中说，“一打一揭，遍身着力，步步前进，天下无敌”，由此形成了少林“五虎拦”棍法。明末清初，吴殳在所著的《手臂录》中讲，“（五虎拦）唯‘一打一揭’而已。打必至地，揭必过脑，平平无奇，殆如农夫之垦土”，但若日久苦练，亦令人畏惧，不可轻视。这意味着俞大猷所传棍法、步法皆以简捷为主，非常适合在军阵中使用，也许他正是从这个角度对少林寺原有的棍法进行了批评，因为喇嘛僧所传的棍法虽然在江湖中有些名气，却不一定适合在战阵中使用。
少林棍法由此产生了俞大猷、普从、宗擎一系，这与喇嘛僧、匾囤一系有所区别；此外，还有洪转、洪纪、广按、程宗猷一系。特别值得一提的是程宗猷，他写出的《少林棍法阐宗》，从招式、理论两方面对少林棍法进行了详细记述。其中，《问答篇》说少林棍有拿、拦、劈、捉、勾、提、扎、打等法，书中还提到了小夜叉、大夜叉、阴手、排棍、穿梭等套路，比起俞大猷所传的棍法要复杂得多。管中窥豹，可见一斑，在明代中后期少林功夫大发展的时期里，少林寺成了天下棍法的重要交流场所，这使有众多传承的棍法在少林各门武艺中独占鳌头。
《少林棍法阐宗》提到，作者所练的少林棍“俱是枪法”，故有“打人千万，不如一扎。故少林三分棍法，七分枪法”的说法。作者程宗猷除了练棍之外，也练过枪法，他所编的《耕余剩技》就录有《长枪法选》。少林高僧洪转是程宗猷的师父之一，被认为棍法功夫最高，同时也兼习枪法。此人还写过《梦绿堂枪法》，提出“八母、六妙、五要、三奇”等枪法要诀。其中，“三奇”本意是指“软、闪、赚”等枪技，但据武术史专家周一良的解释，这亦可能与正德年间被称为“三奇”的著名武僧周友有关，由此判断洪转的枪法得自周友，可谓传承有序。然而，与洪转同门的武僧洪纪尽管在明末号称“少林功夫推第一”，却在枪法上栽了跟斗。起因是“意殊傲蔑”的洪纪在著名武术家石敬岩的陪同下到真定，欲与同道中人刘德长切磋武功，想不到一交手，兵器就被对方夺去。技不如人的洪纪表示心服口服，竟与石敬岩一起拜刘德长为师。
少林枪法难道是“盛名之下，其实难副”吗？时人吴殳在所作的《手臂录》中对此进行了一番剖析，他批评“少林全不知枪，竟以其棍为枪”，以致“去柔存刚”，几乎等同于斗牛角力。但是，这种打法比较适用于沙场角逐。为此，程宗猷也针对性地提到临阵时的枪法无过于“大封大劈”，而简捷的打法唯有以枪“击地而已”，枪端可“借地势激起，易以发戳”。如果形势有变，须采取不同的策略应付，比如面对数十名排列松散、持枪“截路守伏”的敌人时，则改用“进退斗杀”的方法。还可视对手情况，使用“凤点头”等招式，将“枪头点地”，或闪向左，或闪向右，或向前疾进，伺机戳之。如果枪被对方拔开，要及时退却以躲避敌人的反击，这时，可用枪头“拖拉点地”作掩护，以防万一。此外，还要教士卒练习“颠提”之法，即击刺之际快速移动枪端以防敌人用手抢夺。这种行军对阵的打法可以总结为：若能熟练地“大封大劈”，就是“必胜之兵”；若能熟习“凤点头”，就是“选锋之兵”；若能精于“颠提”，就是“临阵必胜之斗将”！可见，程宗猷在少林所学的枪法能够适应沙场对阵，却不太适用于武林人士行走江湖时较技之用。
这样看来，洪纪在单打独斗中输给刘德长，算是情有可原。其实，刘德长原先也是少林寺僧，他后来遍游天下，增广见闻，枪法是百尺竿头，更进一步。还俗从军的刘德长，官至游击将军，曾应巡抚韩晶宇之聘到府中教其部将，是当世数一数二的高手。洪纪、石敬岩跟刘德长学习两年，才被允许正式成为入室弟子，枪法果然大有长进。石敬岩之后将枪法传给弟子吴殳，而吴殳所作的《手臂录》以讲述枪法为主，是明末清初最重要的武术专著之一。
除了枪法，在少林武术体系中，还有剑法、鞭法、戟法等，《嵩游记》等史籍就有相关记载，但它们的名声都比不上棍法。至于刀法，在明代少林功夫的派系中并不占重要地位。后来程宗猷、吴殳专门研究日本刀法，以补其缺，并相继在明末清初撰写出了《单刀法选》《单刀图说》等书。
少林武术体系中除了使用兵器的武技之外，还有厉害的少林拳术。少林拳术成名的时间没有棍法早，也没有像棍法那样据说是护法神传授下来的，从而少了神圣的宗教色彩。尽管如此，少林拳在明代中期已经为世人熟知，嘉靖年间的唐顺之在《峨眉道人拳歌》中赞叹道：“少林拳法世稀有。”万历年间的王士性在《嵩游记》中自述宿于嵩山之下时，有少林武僧前来献艺，“拳棒搏击如飞”，其中有人模仿猴子“盘旋踔跃”，似乎所练的是猴拳，甚是厉害。名将戚继光指出拳为武艺之源，他所著的《纪效新书》对此解释道，“大抵拳、棍、刀、枪、叉、钯、剑、戟、弓矢、钩镰、挨牌之类，莫不先由拳法活动身手”，故欲练武艺，须先练拳法。程宗猷在《少林棍法阐宗》中，承认少林寺虽然尚棍，可是寺僧已是“多攻拳而不攻棍”了，拳法大有后来居上之势。棍本来比拳更适用于战阵，而这时候一些寺僧却热衷于练拳，许是倭患基本平息后，僧兵出征的机会越来越少，故武僧转而重视行走江湖的拳术。《涌幢小品·拳棒僧》载有一个故事，称一个名叫董青芝的祠部官员风闻倭寇即将来犯，预先召集数十位拳术教师讲武事。不料这些人与一个不知名的少林僧人比试拳术时，全被一一打翻在地。少林僧人事后评论说，拳术教师们所习的不过是花拳之类中看不中用的伎俩，可谓误人一生。董青芝听毕为之惘然，无言以对。
经受住实战考验的少林拳法，理论上亦有所建树。上文提及，明朝末年有人假托达摩之名编著《易筋经》，其在理论上比较系统地论述了少林拳法。书中描述的招式和中国古代健身术以及硬气功等武艺有关，不过此书直到清代中后期才产生影响。此外，少林拳还有专著《拳经》问世。明末精于拳法的少林和尚玄机将身法、口诀传授给张松泉，张松泉传给张鸣鹗，张鸣鹗将其编撰成书，于清初由张孔昭出版。书中讲述了步法、手法、肘法等，其中手法包括五阳三岛手、拂尘手、旗鼓手、棚措手、九流手、倒淘手、八犯手、攻枪手、五雷千斤手、骑虎手、九缠三串手、斜插不迎手、迎风铁扇手、金镖夺枪手、推枪三换手、双挆斜飞手、回龙倒跌手、七耸高迎手、八字分襟手等，可见技巧已十分完善。不可否认的是，在一代接一代的人的努力之下，少林拳的技法获得了前所未有的提高，正如清初黄宗羲在《王征南墓志铭》中说的那样：“少林拳勇名天下。”
总之，少林武术在明代获得了飞速发展，而这是建立在博采众家所长以及兼容并蓄的基础上的。少林武术在全国上下得到了广泛传播，甚至在明末传到了国外。曾习武于嵩山少林寺的陈元赟于万历四十七年（年）东渡日本后，在江户国昌寺传授武艺，门徒甚众，是国外传播少林武术的第一人。
少林武僧在明代重振雄风，声名远扬，然而给予它极大扶持的明朝政府按照盛衰迭代的历史规律无可避免地走向了没落。明朝倾覆之前，国内许多地方爆发了声势浩大的起义，为此少林僧兵一度企图持危扶颠，协助官军镇压起义军。《明史·史记言传》记载，明末有不少少林武僧受聘于官府，替其训练官军。少林寺内的《改公禅师塔铭》也载，武僧道宗、道法、庆余、庆盘、同贺、玄清等人在崇祯年间追随兵部尚书杨嗣昌转战山西、湖广与河南等地。
然而，明朝政府讨平起义军的意图未能如愿，出征的少林僧人不少在战事中阵亡。明末谢肇淛在《五杂俎》中写道，“河南少林寺拳法，天下所无”，其游方僧皆可凭此技力敌数十人，于是“流贼”作乱时，有人建议官府以优厚条件招募僧人为军，遂得精壮余人。“流贼”知晓后最初甚是忌惮，不敢硬拼，但随后想出一计——在作战中佯装败北，等到夜间趁其不备，发起突然袭击。僧兵果然中计，全部被歼。不过笔者认为僧兵的失利应归咎于指挥官的失策，要知道“练兵不若选将”。
这些战死的少林游方僧人无名可考，那么当时闻名于世的少林武僧就能置身事外吗？答案是不能。明末一度号称“少林功夫推第一”的洪纪就为此罹难，《手臂录》称其在崇祯年间从军，“将兵击流贼”时战死。
洪纪的好友石敬岩亦介入了战事，由于他交游广泛，时人记录其从军的事迹远比洪纪的多。石敬岩与义军交战是在崇祯八年（年），当时张献忠所部突入两淮流域，转战于庐州、舒城、桐城一带，明苏州卫指挥包文达奉应天巡抚之令紧急赴援桐城。据石敬岩弟子陆桴亭的《石敬岩传》记载，此时经过长期苦练而享有“枪法为江南第一”之誉的石敬岩披上战袍，与同游的壮士赵英一起投到包文达麾下。二月十二日这一天，包文达领军循着敌人的踪迹追至宿松。不料进至山谷中了埋伏，包文达战死。空着腹的石敬岩与赵英左冲右突，自早晨打到下午，一直突不出重围。混乱中，赵英“马蹶被执”，石敬岩呼喊着前往救援，其枪锋所及，所向披靡，然而人多势众的敌军被驱散后很快又汹涌而至，好像永远也杀不完一般。不久，石敬岩“枪折马毙”，犹挥短刀步战，力杀数十人，至死不倒。吴殳参与编撰的《怀陵流寇始终录》也记录了石敬岩战死的过程，称他下马后“奋槊（可能是挥舞断槊）”步战，最后中箭而亡。
关于石敬岩战死的原因，世间流传着各种说法，其中《怀陵流寇始终录》认为，石敬岩之所以中箭死亡，是由于出征时上级没有配发铠甲，以致他身上因缺乏应有的防护而殒命。此外，陆桴亭在文章中称石敬岩生前曾向自己讲述过怎样使用马槊作战的细节，他指出骑在战马上挥槊就像在马背上射箭一样，需要预先采取脚踏马镫等稳定身体重心的措施，以便能够让双手挥舞自如。因用槊刺向敌人时需要依赖马匹疾驰产生的冲击力，那么一旦当面之敌的战马具有更强的冲击力，与之硬碰就可能会产生断槊的严重后果，故马槊最好是以浑铁等不易折断的材料制造。遗憾的是，石敬岩之死正与此有关，正如陆桴亭所写的那样，由于敌人兵强马壮，石敬岩因“枪力不及”难以突围，最终无法避免断槊，被迫下马步战。石敬岩生前认为步战时最佳的兵器是长刀，而他也曾学习过日本刀法，但因准备不足而在马毙后仰天长叹身上没有佩带长刀，失去化险为夷的机会。综上所述，由于缺乏质量上乘的马槊、长刀以及铠甲，仓促上阵的石敬岩一去不返。
即使是洪纪、石敬岩等顶尖高手，亦未能挽狂澜于既倒，更遑论其他卷入战事的少林弟子了。许多少林僧人在这次战乱中死于沙场，神州鼎沸之际，连少林寺所在的少室山也未能幸免。《中州杂俎》等史籍记载，明亡之前，一股兵力过万的反政府武装在转战的过程中来到少室山一带，其驻扎地御寨山与少林寺相距不远，故在采取破坏地方统治秩序的行动时对少林僧人心存顾忌，视少林寺为掣肘，暗中准备伺机打击。不过其首领李际遇不想强攻，只想智取，遂假装结纳少林主僧，故意赠予金银。待骗得对方信任后，李际遇便摆出一副虔诚的姿态，借故派手下以礼佛为名访寺，再动用数百人悄悄“裹甲而入”。这些人出其不意地经过正堂，趁少林僧人做功课之机抽刀乱砍，使不少失去警惕的僧人死于非命。寺中的南园以及永化堂等地惨遭焚烧，仅剩下殿基。少林寺建立以来，曾在隋末、金末、元末三次遭受兵灾，而明末的这一次，已是第四次被战火波及了。
崇祯十七年（年），李自成所部起义军攻破北京，末代皇帝明思宗自尽于煤山，大明王朝宣告灭亡。崛起于关外白山黑水之地的清朝军队早已虎视眈眈，趁机在明降将吴三桂的引导下经山海关直捣中原，相继平定、招抚李自成、张献忠、李际遇等各路义军，还颠覆了几个偏安一隅的南明政权，最终在逐鹿天下的过程中确立了无可争议的优势地位，成功建立起中国历史上最后一个大一统的封建王朝。
明亡之后的少林寺未能恢复昔日的辉煌。清军入关后，顺治帝虽然在顺治三年（年）按照前朝惯例钦命海宽为新任主持，但海宽却以“足疾”为由推搪，迟迟没有动身前往礼部领取“新扎”，一直拖到顺治十四年（年）才北上受领，对这个新政权的观望态度昭然若揭。海宽圆寂后，他的弟子永玉接管了主持之位，但不久永玉便弃职北上，寺中因没有正式主持益显衰落。最后，清廷干脆于康熙五年（年）终止了“钦命主持”制度，表明皇家与少林寺僧人彼此之间互相疏远的态度。
康熙三年（年）竖立的《造像供馨碑》描写寺内“荆棘蔽矣，藤萝寒户，无人居住者数年”，反映了寺院在这段时期的残破状况。后来，寺院断断续续得到了一些修整。康熙帝虽然没有亲临嵩山少林寺，但也在康熙四十三年（年）为寺院题写了“少林寺”“宝树芳莲”等匾，遣人送来。然而雍正帝在位期间却严厉指责少林寺的一些僧人，强拆房头僧人散处于寺外的20多座门房。此后，乾隆帝曾到少林寺游览，但却未能让少林寺重整旗鼓。清朝官员长期对少林寺存有防范之心，例如道光二十二年（年）竖立的《告示碑》就要求寺僧“谨遵法规，恪守清规”。
整个清代，政府从未征少林僧人出征，就算到军队做武术教练也不行。河南巡抚徐绩曾请几个少林寺僧到兵营教习，为此于乾隆四十年（年）五月遭到乾隆帝的斥责，其在发布的上谕中列举了数条理由。其一，僧人既已出家，“即应恪守清规，以柔和忍辱为主”，岂能练习击刺之术，好勇逞强？其二，地方官员知道僧人练武要设法让其改弦更张，岂可反而招揽为教练？其三，令僧人做营兵教练，成何体统，传出去会成为笑谈。
乾隆帝反对僧人与武事沾边是沿袭了清廷的一贯政策，因为早在雍正年间，官府已明令禁止民间练武，从那时起，少林僧人就尽量避免在公开场合展示武功。不过练武的传统一直暗中保留下来，许多人白天不练，改为夜晚练习，例如道光二十六年（年）所立的《西来堂志善碑》就记述少林弟子“昼习经典，夜演武略”，亦“恪守少林宗风，修文不废武备”。
少林寺虽然在清代没有得到什么发展，但少林功夫凭着前朝积累的声望，不但在民间仍然保持影响力，而且这种影响力还提升到了一个新的高度。
清初，褚人弢在《坚瓠集》中称：“今人谈武艺，辄曰：‘从少林寺出来。”黄百家的《内家拳谱》也认为少林武术是外家代表。“少林会”“少林青主教”等民间拳会、教门组织在这一时期相继出现，而洪拳、蔡李佛、咏春拳等一大批武术流派更号称是少林弟子所创。最值得一提的是，“天地会”这个风行全国的秘密结社组织，竟以少林僧人出征“西鲁番寇”以及清廷“火烧少林寺”等故事作为创会的缘起，并奉传说中的五位少林僧人为五祖，四处招纳成员展开抗清活动，可见民间对少林功夫的推崇。在这种普遍认可的氛围下，少林武功也就随之名播四海了。