当初浮头玄高禅师，定慧双修。从他圆寂后，定慧双修者极少。虽多高僧，或单定少慧，或单慧少定，像车子缺少一轮，不能远行；像鸟缺少一只翅膀，不能高飞。到南岳慧思大师，才强调定慧双修；传到智师，始得极盛。
陈始兴王(陈叔陵，陈宣帝第二子)出任湘州刺史，朝中公卿百官皆以礼物远道相送。回车时皆到瓦官寺，聆听智师说法，倾心供养，礼物如山堆积。智师叹道：“我昨夜梦见强盗，今天看到了这些礼物。这是用毛绳截骨来绞杀我啊，使我想起庄子说的曳尾泥涂中的神龟了(暗喻将隐山)!”智者“妙悟法华”后，入天台
于是，智师便遣散弟子，对他们说：“我听说过‘暗射’(未见物形，闻声则射中)的道理，‘暗’比喻‘无明’(贪瞠痴)，说法人的唇舌比喻弓，思想比喻弓弦，声音比喻箭，如果长夜虚发，说法人无所觉知；若利益人，心弦便相应。又法门比喻镜，方圆诸物比喻图像。若诸缘牵心，如辘轳汲水，汲水不停则轮不停转。只有杜绝来缘(汲水)，轮才能安静。当年，南岳慧思大师南下，由于说法合乎时，故心弦相应，法镜屡明，教化甚广。但是，当我来到瓦官寺时，四十人共坐修道，只有二十人得法；第二年，百多人共坐修道，也只有二十人得法；又第三年二百人共坐修道，只有十人得法。以后徒众愈来愈多，得法愈来愈少。这样，我被缘境所牵，既妨害了自行，又影响了对人的教化；你们还是各随方便(或修禅，或说法)，我决心实现我的宿志隐山去了！蒋山太近，不是避俗嚣之处。据《天台山地记》中说，那里有仙宫，晋代高僧白道猷的说法是可信的；孙绰《游天台山赋》将它比作海上蓬莱。若在此山栖隐，采食山上的野果，饮啜山涧的清泉，可以满足我平生的愿望了！”
陈宣帝听到这一消息，下敕文留智师住瓦官寺弘法。仆射徐陵往瓦官寺见智师，涕泪潸然，恳请留住。但智师志意已定，不听劝留，便在陈大建七年(年)九月，人天台山游历山水。他去朝拜晋代高僧支遁的坟墓，参礼昙光居住过的石室，访问汉代高察读书的遗址，探访高僧僧顺饮漱过的云潭，几次到过石桥及天台山的南门赤城，但都只是逗留了一下，未择所居。
他曾住宿在石桥。当晚，梦见三位戴黑头巾、穿红衫的人，在老僧的带领下，进来对他说：“禅师若欲造寺，山下有皇太子(指杨广，陈宣帝第二子)寺基，愿奉送给您!”智师便问道：“今天要建造一个草舍也很难啊，什么时候能建成此寺呢?”老僧答道：“现在不是时候，待三国(指北齐、北周、南朝陈)统一，有大势力的人才能建成此寺，寺若成，国即清，可名为国清寺。”
当时，三国鼎峙，车不同轨，书不同文，虽然神僧示以寺院建成的冥期，但究竟能否如此，尚不得而知。智师便绕着天台山山谷走，忽见佛陇(据说此处古时有人曾看到佛现，故称佛陇)的南峰，左右映带着山泉，十分美丽，便流连驻足。
有位定光禅师，居天台山三十年。他虽晦迹山野，却很有道行。人们亲近他，但不了解他的才识。他所料说的事，都很灵验。当夜，智师住宿在定光的草庵中，大家都听到钟磬之声，在山谷间飘荡，声音从小到大，过后余音袅袅。智师问定光此声要响多少次，定光挥手长吟道：“听到鸣槌召集众僧，这是得住之相。你还记得当初招手指引你的情况吗?”大家听了都不解其意(只有智师心里明白)。从此，智师便在定光所住的北峰创建一座小寺院，寺旁栽种松树、栗树，引流环绕着寺的四周。他看看寺院的四周环境，与当年所做的梦境毫无差别。
寺院的北边有座高峰，称华顶。登上山顶眺望，群山全在怀抱之中，山上的阳光和凉风与其他山峰完全不同。智师独自一人，前往山顶修头陀行。当晚后半夜，忽然大风拔木，雷霆震动群山，魔怪千群，露出千百种形状：或头如龙虺，或口吐星火，形如黑云，声如霹雳，眨眼万变。它与图画中所画的降魔变差不多，而可怕之相，大大超过。但智师却能心定神安，一派湛然空寂之状；魔怪逼迫之境，慢慢散失。过了一会，魔怪又变作父母师僧之形相，枕膝抱身，悲泣流涕。但智师深念实相无相。魔怪忧苦之状，不久便消失。魔怪用强缘和软缘，都不能使智师起心动念。天破晓时，神僧现身对他说：“《维摩经》中说过‘制敌胜怨，乃可为勇’。像你这样能过强缘和软缘两关的人，是不多的!”神僧安慰了他一番后，又为他说法。说法的言辞，可以意会，不可以文传。神僧所说的话，智师都能理解，如云开见日，万境洞明；饮泉人腹，水清肺腑。便问神僧道：“大师所修是何法门?应当怎样学，怎样弘宣?”神僧答道：“我所修的是一实谛，应当以般若修学，以大悲弘宣。从今以后，你若能据此修学，自利利他，则我与你如影随形，似谷答响，常随护念!”
修习了一段时期头陀苦行后，智师回到佛陇山。户外风烟山水，足以使他忘忧；心中充满禅慧，足以使他快乐。佛陇山道阻断，车船不能到达，遇到了荒年，僧众都随缘乐道。智师与慧绰等种植胡麻、采拾橡子以供食用，贫而无忧。
不久，陈宣帝发下诏书说：“智颤禅师是法界雄杰、法门的宗师，他的教导，遍及僧俗，是国中有名望的人物!可从始丰县(今天台县)上缴的税赋中，拿出一部分租米，供寺院僧众开支；派遣两户居民，作寺院打柴挑水等工作，免除官府的差役。”从此，离开寺院的僧众又重新回来，但智师不因宣帝的诏书感到高兴(仍然过着平静的亦农亦禅的生活)。
陈郡的袁子雄，穿过百里林海，寻找智师；新野县的庾崇，带着从百姓那里敛集来的钱物，两人找到智师，适逢他在讲《维摩经》，便斋戒连日，专心听法。袁子雄看到堂前有山，琉璃宝光映照得透体通明，山阴曲涧之处，宝石铺底，虹桥飞跨，桥上以珍宝装饰。梵僧数十人，均手捧香炉，从山间出来，登桥人堂，寺宇威仪显眼，香烟扑鼻。袁子雄告诉庾崇，庾崇却说没看见。两人同席在此，而所见各异。袁子雄因此发心重建讲堂。这事不在遥远，讲堂至今尚在。
因为天台山地邻大海，百姓以捕鱼为业。有的在溪上架设渔梁，有的在海中架设渔簏。秋天水一涨，大小鱼填满渔梁，日夜两番涨潮退潮，鱼儿唼唼满簏，鱼骨成山，蝇蛆嗡嗡，响声如雷。非但水陆可悲，更痛船夫滥杀生灵。智师为此发大慈大悲心，变卖宣帝所赐的衣物，并劝诸善信乐助，用钱赎买渔簏一所，永作放生之池。
当时，临海内史计诩，到郡城就任后，请智师讲《金光明经》。智师济物无偏，立即前往。他以慈修身，使见到他的人都生欢喜之心；以慈修口，使听到他声音的人，都发心行善。循循善诱，劝人相信因果。合境渔人听经后，都改恶从善，好生去杀。潮水绵亘余里，始丰溪上的簏梁共63所。渔人一致永远放弃，使之成为法池。一日所救的生灵(鱼类)上亿万数，何止《金光明经》中说的十千鱼群呢?
智师乘方舟(两舟相并)在海上讲《金光明经·流水品》。还散粳粮给鱼食，作财、法二施。船出海口，远望芙蓉山，山峦重叠，像红莲花刚开；横石孤垂，像已萎的莲花将落。智师说：“当年我曾梦见游海边，与这情景非常相似。”同行的僧人慧承、郡守钱玄智，都写文章咏叹。文繁不录。
计诩回到京城，后因别事坐罪，被判死刑羁押在大理寺。临斩首的前一天，他很盼智师能救他一命。当夜梦见群鱼亿万，不可胜数，口中都吐泡沫来濡润他。第二天一早，朝中忽然降旨，免除计诩的死罪。
讲经的那天中午，空中忽起瑞云，*紫赤白，状如月晕，凝聚在虚空，远远地遮盖寺顶；又见*雀群飞，展翅嘈嘈，栖集在檐栋上，半日方飞去。智师说：“这是江鱼变成*雀，来到这里谢恩啊!”智师派门人慧拔，将此事奏闻朝廷。陈宣帝即降敕旨说：“(始丰溪)严禁捕鱼，永为放生之池!”
陈朝东宫太子(陈叔宝)问徐陵道：“天台大师的功德这么大，谁给他制作碑文最妥?”徐陵回答道：“希望能有一篇神笔玉著。当时，陈宣帝刚卒，此事未能完成。不久，令国子祭酒徐孝克撰文立碑。此碑今尚立在天台山，碑文读之令人落泪。
陈文帝第八子永阳王，时为东阳刺史，多次写信请智师出山开讲。智师遂赴会稽讲经，并行方等忏法。永阳王与子同受净戒，白天聆听讲说，夜晚修习坐禅三昧。
智师对弟子智越说：“我想劝永阳王修福攘祸，你看行得通吗?”智越说：“这样做，王府中的官吏，必有是非讽语。”智师说：“我若能为王息灭讽语，也是一桩善事。”永阳王后来出游，从马上坠下，几乎死去。智越因此想起当时劝阻智师为王修福攘祸，忧愧伤心。智师亲率众僧，为王作观音忏法，专心致志。永阳王渐醒过来，靠着茶几坐着，见一梵僧，手捧香炉一直进来，问王道：“病势怎么样?”永阳王流着汗，无话回答。梵僧便绕王一圈，香气缭绕，向右旋转，王觉病痛和烦恼顿时消除。智师是用戒慧先熏陶王心，再用灵验使他亲闻目睹。王亲历此事，怎能不信啊!
永阳王伤愈后，亲写《发愿文》说：“令人敬仰的天台大师，德如道安、慧远，道如昙光、昙猷(四人皆晋代高僧)，远近道俗，倾心崇拜，云集麾下。他绍承没落的像法，显露出慧日的强光，以救世俗，游走在法门，贯通禅理，有为之结已经断离，无生法忍已经现前。弟子(永阳王自称)宿业深重，在情爱之水中沉沦，虽亲尝法味，犹未除蒙蔽之心；徒仰禅悦，但尚怀散乱的思虑。日月飞逝，光阴如箭，有离有合，叹息何言?爱法敬法，如水长流。愿生生世世，在天台大师座下，常修供养，像智积供奉智胜如来；像药王供奉雷音正觉，安养兜率宫中，同修一乘佛法。”
智师胸怀禅智功德之宝，虽隐居穷山，但声名远震天下；虽藏形幽壑，但道德和禅慧昭彰。