且说憨山举办完法会，打点一番，便拔脚向东而行。先到真定障石岩调息身体，待入冬后，即至京西中峰寺石室闭关水斋。因想到《华严经疏》中说东海有那罗延窟，遂于万历十一年()四月，来到山东崂山。见山南之最深处，背负群山，面吞大海，水波淼茫，风光极为奇绝，实非尘寰之境，遂在此结茅庵以居。
时隔一年后，慈圣皇太后令近悻张本，委托京都龙华寺住持瑞庵和尚寻到此处，说是太后召见。原来李太后因祈储事后，皇孙应期而生，不觉大喜过望，便派人到处寻找祈储有功之人。大方和尚和妙峰禅师，已入宫接受了皇宫供养独憨山下落不明。当瑞庵老和尚向憨山说明来意，请他到京接受赏赐憨山却婉言谢绝说：承蒙皇恩和太后佛心，贫僧在此有茅庵遮风挡雨，已经就是赏赐了还奢求什么呢!瑞庵回京，将此番情形转达太后，太后叹息一番说：也罢，就赏赐他三千金，让他建一座寺院吧。当太后派人送来两银时，憨山也多么希望在这佛法稀薄之地，开辟一处道场呢!然而当时山东岁穷，饥民遍野，憨山毅然和中使商议，协同当地县官，便把这三千金拿出，以太后的名义，赈济了当地的贫民孤老。太后知道后非常高兴，对憨山益发看重，遂将身边积蓄和各宫供养，又筹集了两银子，再次派人送去，命憨山建寺。寺宇建成万历皇帝赐额海印,然而十年后，憨山竟以私造寺宇罹难。
真可大师
万历二十三年()正月刚过，一辆囚车缓缓向县城驶去。当地居民百姓听说憨山大师奉诏牢狱，顿时一齐尾追而来，车过之处，人们掩面抽泣，有的攀附囚车，号哭不止，有的旋即跟在囚车之后，一路相随，场面相当悲壮。这到底是因为什么呢?原来，万历十八年海印寺建成不久，当地的一个豪门想谋夺这处道场，唆使一个道士状告山东巡抚衙门，说海印寺的建造，侵占了道教的地盘。这些人原本是想勒索些银子，可憨山不买他们的账，巡抚也素知这是子虚乌有的事，便把此事交给莱州府，说要惩治那班告状的人，还是憨山出面为他们开脱，把这件事放过去了。这件事的起因，说到底，也就是一般无赖之徒，眼红嫉妒罢了。问题是五年以后一件毫不相干的事，把这事给复杂化了。那是在万历二十二年()的十月，憨山至京祝贺皇太后生辰，太后即颁赐海印寺一部《大藏经》,并派遣四个内使一同护送，这事被素同这四个内使不和的太监们看在眼里，便想寻隙陷害。那一天，神宗皇帝不知为什么在便殿暴怒如雷，他大吼大叫着骂了一通，又说：那一些假母后旨意，这儿造庙，那里布施，还有设斋送藏(大藏经)等等，是非杀人不可遏止了!皇帝这话不免教人纳闷。李太后诚信佛教，尊崇护持高僧，在各地建寺动费钜亿。太后之所以敬重憨山，为他建寺，很大程度是因为他祈储有功。因此她不仅动员后宫王皇后等各出些体己钱，本人还甘愿为他节衣缩食攒钱。重要的是在这之前，皇太后曾迫使皇帝，封他不喜欢的王宫女为妃(朱常洛生母),又要求他立皇长子朱常洛为储君，太后的这些做法，支持了东林*派。特别是之前的一年，东林*人还拼死上书，皇帝才不得已让11岁的朱常洛，接受了皇宫的启蒙教育(后又拖了8年才立为太子)。而恰恰在这一段时间，神宗的心绪可说是坏极了，他正躲在后宫，和郑贵妃长相厮守。很显然，围绕国本之争,宫廷内外已形成了两大阵营，宫内的贵妃*(即帝*)已把憨山划入后*(即太子*)一边的人了。故有的资料说，万历皇帝和母亲情感不和,是嫌母后建寺花钱的说法，其实是很次要的因素了。
中台
再说那些扭曲变态的宦官们，他们见皇帝骂出了那么一通话，见报复的时机来了，便将五年前的莱州旧案翻了出来，就在他们主持的诏狱将一个外国工役化装成了道士，让他击鼓状告通*院。又一天，神宗皇帝正走到此处，忽听得通*院鼓声咚咚,连日怒气犹存的皇帝召来状纸一看，见是状告憨山，即命押解至京审讯(连那四个送经的内使也同时收押)。抚司主审官审问憨山：皇太后布施数万金，你究竟得了多少?憨山如实说：两(银)建了寺，两(银)经县长、内使、寺院四众弟子决定，作了赈灾之用，并向上奏报了情况。不想主审官脸色陡变，厉声说：皇太后布施了数十万，你却承认了两，不打如何肯招?于是，憨山在一阵*打中昏了过去(有的说是入到定中)。
又一次庭审中，憨山义正词严，他朗然陈述道：你们欲诬我屈服容易，但将置圣母于何地?皇上向来纯孝，不会因为一时之怒，而伤圣母的心。如果行刑逼供，造成冤狱，你们难道不考虑后果么?再说，我又何惜一死，只是觉得曲想枉招妄判，奉上意以损纲常，实非臣子爱君之道，其青史如何书写?憨山的一席话，说的主审官心里直哆嗦，想到皇帝要是怒气一消，向母后谢罪之时，不就是自己脑袋搬家之日吗?于是，态度一下子变得温和了许多，也就不在刑问，遂将案子奏报上去。神宗查了内库帐籍，此两笔布施均存案有据，也就不再费心追究。但还说他私造寺院有罪，憨山便以莫须有”的罪名，被充*雷州，开始了长达几十年的惨淡生涯。
西台
万历二十三年(),憨山带罪行至南京，明代四大高僧之一的紫柏真可(又名达观),专门从匡庐赶来看他，他拉着憨山的手说：公以死荷负大法，我何人也?公不生还，吾亦不复有生日!他竭力劝阻憨山，洗刷冤情，不赴成所，憨山以君父之命为由，不肯应允。原来，这真可是憨山的道兄，他出家苏州虎丘寺，一生寻友访道，四处云游，此时已是名满天下的高僧。真可曾于万历元年，首次至五台山巡礼，相传遇一须眉皆白的老者(文殊化身)孤坐岩下，真可便问：一念未生时，应该怎样?老者遂竖起一指。真可又问：念既生之后，又该怎样?老者便横伸展开两只手臂，真可顿时悟道，领悟了不二法门。真可第二次去五台山，是在万历十四年()。这年他在北京闻知憨山为人，便带弟子道开，到崂山海印寺寻访憨山，共商筹划开刻《大藏经》之事。并和憨山约定同去曹溪，复兴六祖慧能未竟事业，编撰传灯集。两位高僧相交恨晚，他们志同道合，心灵相通，认为平生知己。以后又在北京潭拓寺会晤，推心置腹，曾对谈四十昼夜，目不交睫,产生了相当深厚的友情且说真可在海印寺会晤憨山之后，即在同年秋天带弟子上了五台山，选定了在妙德庵开刻《大藏经》,尔后，弟子道开便居住龙门开刻(后由于气候寒冷等原因转移至浙江兴圣万寿禅寺，完成*兴楞严寺)。真可第三次上五台山，是在万历二十年(),在这一次他住的时间最长，不仅遍礼了五个台顶并山中圣迹，商定了刻经事宜，还在龙泉寺，和即将退休归乡的吏部尚书陆光祖相遇。他仿效东坡、佛印斗禅之事，向老人家索要了一条官带，留在妙德庵以镇山门，从而为五台山留下一段佳话。真可一生三上五台山，三次会憨山，和五台山有着不解之缘，故《清凉山志》也把他归为五台山高僧。
东台
真可生性刚直，慷慨威猛，憨山曾赞他是：面如月，心似铁，短发长髯，丰神自别。拳头一捏双眼空，脊梁才竖诸缘歇。这样一个僧人，眼里自然揉不下沙子，因此，他一生到处宣说三大负事。这三大负事就是：传灯未续，我出世一大负,即指他和憨山当年的宿约，同莅曹溪合编《大明传灯录》(也含刊刻大藏经之事)。真可的第二负事：矿税不止，我救世一大负,这就是指万历中期如螣似虎的矿税。当时武昌、汉阳的百姓，因矿税被迫发生暴动，把征收矿税的官员，打得狼狈而逃。江西南康太守吴保秀，因看到矿税弄得民怨沸腾，未遵上命。中使即奏报皇帝，把吴保秀革职解京下狱，其夫人悬梁自尽，真可闻听后，慨然叹道：阉人杀此良吏名，其如世道何!其后，他还赶到京师，到狱中探望了吴保秀，教给他一些韬光养晦之法。但吴保秀出来时，真可已死去了。真可的第三负是：憨山不归，我出世一大负。这就是指憨山遭罪谪戌雷州，真可为此愤愤不平，到处大声疾呼，并想方设法，行营救之事。就是矿税和憨山两大负事，使真可误入到光怪陆离的宫闱网络中，因妖书案牵连而毙命。
且说矿税风潮在湖北、江西闹得正凶的时候，真可怀着救世之心，往来于京城，寻找机会为民请命。一次，皇太后派中使给他送来一席斋，并一件紫伽黎，真可说：太后布施的斋供贫道自当接纳，这领袈裟只好心领敬谢了。”真可没有接受袈裟，却向太后奏报了石经山佛殿下的佛舍利(隋朝静琬禅师所藏),希望能在宫中供养。太后便将舍利和真可迎入宫中，留了三天，又使人把舍利送回原处。又一次，中使来到京师潭柘寺，问真可说：皇帝抄《金刚经》,汗水染了的佛经，是否要更换?真可即提笔写偈：御汗之滴，万世津梁，无穷法藏，从此放光。据说万历皇帝看了极为高兴，便命中使带数千金钱，送到潭柘寺，真可拒不接受。皇帝知道后笑了笑说：固知此僧，非利财者也!从上述事可看出，无论是太后还是皇帝，对真可的尊崇之心非同一般。
北台
然而生性刚直的真可，在京的这两三年来，常把三大负事挂在嘴上，引得一些官贵小人和宦官侧目。好多人劝他离京，弟子道开还给他写血书，提醒他免遭暗算，真可执意不听，不久果然撞上了妖书案。那是在万历三十一年(),阁臣朱赓在寓门外拾得一本书，名为《续优危垓仪》,书中措词假借郑福成问答说：帝立东宫，实出一时无奈，将来必有变更。现用朱赓为内阁，已见帝心。原来这郑福成三字，即指郑贵妃及福王。福王即郑贵妃所生皇三子朱常洵，成字是当承大统的意思，朱赓的赓字，则是更易之意。在当时争储大战胶着之际，社会上出现了这等敏感的宣传品，无疑戳到了皇帝的痛处，为此神宗看后大怒，急命有司大索奸人。恰在之前一年，真可派弟子沈令誉以行医为名入京，想通过牌子官，将营救憨山的书信上呈皇帝。偏这沈令誉同礼部尚书郭正域素有来往，而首辅沈一贯和郭正域不睦，正要寻机报复，遂借清查妖书,从沈令誉身上开刀，结果在沈屋中搜出了真可的亲笔信：
崂山海印寺之复，为圣母保护圣躬香火，今毁寺戌清(贬摘憨山),是伤圣母之慈，妨皇上之孝也。
南台
神宗看了此信，据说因赏识真可，本不想追究。无奈一班逢迎仕宦围说不休，便在上面批示了交大金吾研审六字。其实，这件事也透露出了皇帝的一种矛盾心理，难道他真能把三大负事挂在嘴上的真可，且母后尊崇的这个僧人放过去吗?这下可好，一群宦官便依据皇帝的批示，将真可提至东厂狱，转而解至刑部，接连数次庭讯，逼问真可妖书究竞从何而来?真可仍以三大负事答对，此外别无供词。于是刑部恐吓怒喝，一顿棍棒,将真可打得皮开肉绽。真可受杖坐起后道：世法如此，久住何为!便写了遗书，交与弟子性田，性田看了，大哭不止。真可喝道：汝侍我20年犹作此去就!接着绝了饮食，漱了口齿，几声佛偈诵过，便闭目涅槃了。没有做什么错事，只是为国分忧，铁骨铮铮，主持正义，没想到，真可就撞在万历王朝这张腐烂发霉的蛛网上，熄灭了！
再说憨山戴罪南下，没有怨天尤人，表示要遵君父之命，行臣子之事，这反而使他在官民中，赢得了更多的关照和尊敬。他抵达广州后，总镇王公降阶以迎，说为朝廷祈福，却遭如此奇祸，遂释缚护送戍所。当地州府官贵钦慕憨山才学，纷纷拜访，憨山和边疆大吏、学士名流结交往来，且在*乱朝危，民生凋敝中，始终不忘殷勤弘法。他在雷州时，旱灾疫病齐发，百姓尸骨成堆，憨山思君力破群魔垒,为民众作济渡道场，梦幻佛事。恰遇其后天下大雨，旱情消除，百姓蒙益，故而赢得了更高的威性。其时福建采运广东粮食，激起民变，雷州当局请出憨山调停，才得以缓和。广东总督甚至请他劝化税使，招安百姓。这以后，憨山又颠簸辗转，三上曹溪，培修殿宇，振兴道场，从事著述，化导群迷，其间自有不少坎坷曲折，辛酸无奈。天启三年，78岁的憨山圆寂于曹溪，弟子们将其遗骸建了肉身塔。
显通寺
作为一个僧人，憨山的生命情结，依然深深扎根于传统文化土壤。他的一生，为国祝厘，替民分忧，勇担道义，表现出了极大的热忱。应该说，他自己忠君悯民，本可以把生活过得阳光一些，然而他的努力，得到的反而是不堪的回报。尽管说他以带罪之身，受到不少人的尊敬和关爱，尽管说他在万历四十三年(),恢复了自由，但他实际在思想上并不轻松。阴霾笼罩的现实，使他颠簸辗转，烦忧迭起，壮志未酬，以至在长达40多年的岁月中，把日子过得如此阴沉破碎。他之为国祈求的储君朱常洛，也令人非常失望。这一切，使他在晚年，甚至产生了厌世的思想。这难道还不足以说明，他生存的那个时代，是一个没有文化光彩的时代吗?
憨山大师对传统文化很有研究，一生致力于调和诸宗，主张三教合一,著作宏富。有《法华经通义》、《华严纲要》、《楞严通义》、《唯识论解》等佛学著作，还有以佛教思想解释传统文化的《中庸直解》、《论语通解》、《奇门指掌》、《三教论》等等，可谓在佛学上别有建树。这位有德有识的高僧，毕竞为后世流下了一笔丰富的文化财富，成为五代至鸦片战争期间，我国屈指可数的一位高僧和佛学家，明未亡国皇帝崇祯曾赞道：
者老和尚，何等行状。
撑持法门，已作栋梁。
受天子之钳锤，为佛祖之标榜。
显通寺铜殿
这里再说妙峰，他在万历十二年(),来到五台山西埵的芦芽山，遂在山中结茅以居。芦芽山和管涔山衣袂相联，山中林草繁茂，松木蔽天。山顶上散落着十几个天然湖泊，古谓称天池。芦芽山山峰犬牙交错，因像破土而出的嫩笋而得名。妙峰在这风光秀丽的形胜之地落脚，李太后派人访得他后，得知芦芽山在唐朝就是佛教道场时，就命他在此建寺。妙峰在山顶建了八角七层铁塔，在山腰建了大华严寺，成为又一处华严道场。
妙峰的命运不同于憨山，他似乎有心远离尘俗，这就为他提供了广阔的用武之地。他宗教人格中的贫民烙印，使他惟知广作法业，济世利人，这也使他一生获益匪浅，一步步走向了辉煌。综观妙峰来芦芽山后的法业主要有三，一是造寺建塔：他在万历十九年(),应故乡大司马和山阴王朱俊栅之请，在永济寺东南的中条山麓，修复了始建于唐大中八年的万固寺万佛殿，并唐圣僧的舍利塔，使之成为永济的第一禅林。万历二十二年(),妙峰在返回芦芽山路过宁化，见这里的千仞石壁，上下如削，极为壮观。遂精心设计，凿洞为窟，附设殿堂，建成了以主洞为轴，南连登板洞，北连朝阳洞(水帘洞),中间以吊悬木板相连的又一大华严道场万佛洞。万历三十四年(),他来五台山安奉铜殿时，重建了显通寺的前后六重殿宇，兴建了寺中带欧式二层砖砌建筑无量殿，成为寺中建筑的精华。接着，就奉太后之命，在阜平县兴建了到五台山礼佛的接待院，在五台山的东门龙泉关印钞石，兴建了代皇家施茶舍药的御茶庵，同时建了七佛殿、藏经阁，安奉了颁发的龙《藏》。皇太后还复命他在该县的长寿庄，兴建了前后七层大殿的慈佑圆明寺。万历三十六年(),妙峰祖师又受晋王八世孙朱敏醇之请，由太后出资，主持修建了前后三重院落的太原永祚寺，兴建了寺中的宣文佛塔，这就是有名的凌宵双塔,故也叫双塔寺。目前，已成为山西太原的标志性建筑。
显通寺无量殿
妙峰祖师的第二大功绩，就是逢河设桥。芦芽山宁化万佛洞工程刚完工，陕西省三原县大中丞李廓庵和中丞温纯、王象乾，就请他渡*河，主持兴建了沟通两岸的滑河大桥。又至河北宣府(宣化县)主持兴建大河桥。其时，河宽沙深，水流湍急，难度很大，妙峰冒着危险，亲自下水测试，建成了这座长达23孔的大桥。妙峰后来奉太后之命，赴阜平主持兴建了普济大桥。在他住持显通寺的那一段时间，还应山西抚台魏允贞之请，主持兴建了沟通五台、定襄、原平等县的滹沱河大桥，又建了五台县的清水桥。妙峰主持兴建的最后一座大桥是会城桥，桥长10里，工程浩大，但桥还没有建成，妙峰疾病袭身，只好还山安排后事。
芦芽山
妙峰祖师的另一显著法绩，是建造三座铜殿。那还是他去鸡足山送《藏》,路经峨眉山瞻礼时，时有潞州沈王朱模孙朱珵尧，正奉渗金普贤像至此安奉，因此发下重愿，耿耿于心。10年后，他亲谒沈王，谈了铸造普贤铜殿的心愿，沈王遂慷慨解囊，资助万金。妙峰即赴荆州监制，造成之后，安置于峨眉。大中丞王霁宇等，见妙峰造的铜殿极为精妙，愿意出资再造一座，妙峰又采铜于蜀地，又造一座送往普陀山。因普陀僧人怕倭寇盜走，妙峰遂安奉于南京宝华山。随后，妙峰又筹划建造五台文殊铜殿，此殿用铜10万斤，采至北京、南京、湖广、山东、河南、福建、江西、陕西、山西、四川等13个省市。据说造此殿时，依照万历皇帝的意思，祝福慈圣皇太后万寿无疆，故铜殿内壁，镌佛万尊。铜殿铸成，妙峰于万历三十四年回五台山安奉，神宗和太后嘉其功行，派遣御马太监王忠，近侍太监陈儒，各赍帑金至山，并让他重新鼎新显通寺。寺宇建成后，皇帝敕封他为该寺住持，赐香佛绣冠、千佛磨衲紫衣，举行了盛大的佛事活动。
五台山妙峰禅师墓塔
妙峰祖师曾通读《大藏》,精通《楞伽》、《宗境》,是一位禅教兼通的杰出禅师。他出身寒微，悟透了人生要义，故而能久住正法，不为名利所动。所谓独跨金毛狮子步，游行八面不通风(憨山诗)他兴建寺庙10余处，住则随缘，去则忘物(无一弟子居守),真正做到了一衲之外无长物。他一生只知奉献，济世利人，颠簸辗转修桥铺路，吃苦耐劳，为法忘身。其累累法绩，得到了僧俗两界的颂扬和认可，被称为人天师表和法门砥柱,就连万历皇帝也封了他个真正佛子。妙峰圆寂后，弟子们在显通寺西1公里处兴建了一座八角五层灵骨塔，为五台山树起了一座光华四射的精神丰碑!巡抚山西监察御史征仕等，在其所撰《行实碑》中赞曰：
真来佛，无一物。苦行空，壮严闻。
山鸟唱，圣凡哭。笑皈彻，塔中骨。