东晋太元四年，也就是公元年，慧远禅师带着十几个弟子北上，试图找人营救被苻坚软禁的道安大师。
路过庐山时，便在庐山的龙泉精舍住了下来，随后一段时间里，慧远禅师带着弟子们到处勘察地形，希望在这里修建一座寺庙。
这一天，会慧远禅师一行人来到履林涧一带，大家都走得又累又渴，便坐下来休息。慧远禅师带着徒弟们一起发誓，说如果这里适合修建寺庙，请佛祖用神通赐予甘泉。
发誓完了之后，慧远禅师拿起手里的锡杖，想不到杖尾离开的顷刻之间，地面就冒出一眼清澈的泉水。
于是，慧远禅师带着弟子们就在履林涧开始修建寺庙，这就是后来的东林寺。而那眼泉水在寺庙建成之后越发清澈涌动。后来一些年，九江一带连续干旱，慧远禅师带着弟子们子啊寺内念诵《海龙王经》给民众求雨。
据说，经书一遍还没有转完，泉水里就飞起来一个东西，就像一条巨大的龙蛇腾空而起，随后天上就开始乌云密布，当晚就下起了大雨。
话说在东林寺开始修建时，因为附近很少木材，眼见得工期连续被推迟，慧远禅师也为此发愁了。想不到，慧远禅师当晚就做了一个梦，梦见土地神告诉他说，这里正是一处殊胜之处，希望你不要离开而另外择址。
到了下半夜，天上就电闪雷鸣风雨交加，而最初那眼泉水已经成了一个水池，水池里涌现出很多上好的木材，这些木材就是修建东林寺的原料，而那个水池也被称为“出木池”，现在东林寺里还有它的遗址。
这个消息很快就传到了刺史桓伊的耳朵里，桓伊相信慧远真的是神僧，于是便下令召集民工帮助修建，建成后还把大殿命名为“神运宝殿”。
在此之前，陶侃出任广州刺史，有一个渔夫在珠江里打渔，见江面上一直闪耀出金色光芒，便划船过去查看，却什么也没有看到，最后撒了一网，却打上来一尊金色的文殊菩萨像，上面还有“阿育王造”四个字。
陶侃后来便把这尊佛像供奉在武昌的寒溪寺，后来寒溪寺被大火烧毁，只有供奉文殊佛像的大殿幸存。
再后来，陶侃回到江州——也就是九江，想把那尊文殊佛像带过来，可佛像刚抬上船，船就沉没了，文殊像也不见了踪影。
有知情者说，佛像只能以诚心静待，不能用外力强求。刚好慧远禅师的东林寺修建完工，慧远便带着徒弟们去江边祈祷。
三日之后，在武昌落水失踪的文殊佛像竟然自己冒出水面，于是便被恭迎到了东林寺，重新修建了一座大殿供奉。
东林寺修建完工之后，慧远禅师的名望也更加隆盛，有个叫慧怡的高僧却不置可否，甚至还对慧远禅师的一个徒弟说，你们自己的修行有限，所以才对慧远盲目崇拜，有机会我一定要去把他辩倒。
可在听了慧远禅师讲解了《法华经》之后，慧怡竟然心情战栗，全身冷汗直流而不敢提问了。
相传，东晋有名的高士谢灵运，年少时就心高气傲目高于顶，但自从见到慧远禅师之后，顿时就肃然拜服。
在慧远禅师圆寂之后，谢灵运还亲自为他写了悼文，在《庐山慧远法师诔并序》，表达了他对慧远这一代高僧的佩服之情。