明太祖朱元璋早年曾经出家为僧，亲见元朝时期佛教的弊病。明王朝建立后，他推崇理学，强化理学专制思想统治，但对佛教控制很严格，不希望佛教影响到明帝国的统治。
明太祖洪武元年，朱元璋在金陵天界寺设善世院作为全国佛教的管理机构，命慧县主持，其下又置统领、副统领、赞教、纪化等职位。
洪武十五年，又将寺院分为禅、讲、教三类。禅，是禅宗；讲，指华严、天台、法相诸宗；教，是从事各类法事活动的寺院。此外还有很多约束、管理寺院的措施。其后朱棣以僧人道衍为谋主，发动“靖难之变”夺取侄子朱允炆的帝位，是为明成祖。
成祖即位后，论功以道衍为第一。为此，成祖对于佛教有所偏护。但他也明确宣布以儒道治天下，并说“世人于佛老竭力崇奉而于奉先之礼简略者，盖溺于祸福之说而昧其本也”。总的来说，明王朝对待佛教的基本*策是维护利用而又严加控制与整顿。
华方田在《明代佛教及明末四大高僧》一文中认为，整个明代，佛教的发展陷入停滞，缺乏理论创新，各宗派除禅宗和净土宗外基本上已徒有其名，鲜有教理显发和振兴的人才。
但是，明中后期以李贽、袁宏道等为代表的居士佛学兴盛；明末四大高僧对三教合一思想大力倡导；佛教渗透到社会的各个方面，成为中国传统文化的有机成分，与民间信仰、民风民俗融为一体，这些仍是明代长江流域值得一书的成绩。
明代佛教还在这里遇上了四方文明——随着传教士的到来而掀起的佛耶之争，是中华文化与欧洲文化之间的一次意义深远的文化冲突和交流。
不仅如此，明代九华山又出现了一位对九华山佛教有重大影响的高僧，他就是明代万历年间的无瑕和尚。
无瑕原本是河北人，二十四岁于山西五台山出家，法名海玉，字无瑕。他云游到九华山，慕地藏菩萨的大愿，在此修行。他在东岩的伏虎洞中生活，也不接受什么施舍，日常以吃山头野果、*精、白荷、丹生、葛鸡为生。
他一边修苦行，一边抄写《华严经》。他抄经不是以普通笔墨抄写，而是刺破舌血，混合金粉写经。他每隔二十天放一次血，历时三十八年，才完成这项抄写工作，一共抄写了八十一本血经，四十二万字，成为九华山的镇山之宝，现存于九华山历史博物馆。
无瑕抄完经书，写下自己的自传，就圆寂了，三年后才被人发现，时年一百二十余岁。他的尸体神奇地没有腐坏，信众们将之装金供奉，还为他建造了一座百岁庵。
明崇祯三年，崇祯皇帝又敕封无瑕为“应身菩萨”,赐庵名为“百岁宫”。现在百岁宫仍保存着无瑕的肉身像。
民国初年总统黎元洪为百岁宫书写了“钦赐百岁宫、护国万年寺”匾额此后明清两代，九华山的地藏信仰得到很大发展。据载，明代每年登九华山的不下十万人：“四方登山者，岁不下十万人。佛号连天，哀求冥福”。
明万历年间，明神宗两次颁赐化城寺藏经；到清代，康熙三次遣内侍来进香，并赐额“九华圣境”。
乾隆三十一年，朝廷赐御书芬陀普教”,并遣钦差普福(江宁布*使)朝山进香。清代时，全山有寺庙、尼庵三百多所，僧尼达四千多人，并最终跻身于四大名山之列。地藏修行过的化城寺，“平时僧且三四千人”,“香火之盛，甲于天下。”
年，九华山开始建筑一座99米高的地藏铜像，连底座米，现已筑成，对外开放。