唐高宗李治麟德元年（年）二月，高僧玄奘法师圆寂于长安玉华寺。玄奘火化后，人们在骨灰中发现了舍利子。据《金陵梵刹志》中的记载，“古迹三藏塔，唐时建在寺内左，宋天禧寺僧可*往陕西紫阁寺得到唐玄奘顶骨，归塔于此。”也就是说，玄奘顶骨舍利刚开始放在陕西的紫阁寺，后来紫阁寺塔颓寺荒，玄奘顶骨舍利无人看管。
南京天禧寺主持来到紫阁寺看到这样的情景后，感到可惜，于是千里背负玄奘顶骨舍利来到南京天禧寺供奉，从此玄奘顶骨舍利与南京结缘。然而，谁也没想到，抗战期间玄奘的顶骨舍利被日*挖到，最终一部分被带回了日本，这是怎么一回事呢？
洪武十九年，玄奘顶骨被迁葬于天禧寺南边，并修建了三藏塔供奉。此后几百年里，玄奘顶骨一直得到了很好的供奉，直到咸丰六年，由于太平天国的破坏，三藏塔也毁于一旦，玄奘顶骨舍利也渐渐被世人所遗忘。年11月的一天，驻防在南京中华门外的高森隆介下属的日*，在大报恩寺三藏殿遗址上修建“稻禾神社”时，意外挖到了一个石函。
通过石函上的刻字，“玄奘法师顶骨塔，初在天禧寺之东岗，大明洪武十九年受菩萨戒弟子广福……普觉迁于寺之南岗三塔之上……”大家得知石函里装的是玄奘的顶骨舍利，这是一件绝世圣物。挖到圣物后，日*立即封锁了各种消息，但是消息还是不胫而走。迫于舆论压力，日*发表了《三藏塔遗址之发掘报告》，并将石函里的玄奘顶骨交由汪精卫*府。
由于玄奘法师的声名远扬，各地都希望能供奉顶骨，怎么办？年12月28日，玄奘顶骨舍利被分为三份，分别由南京汪精卫*府、北京、日本各得一份。被日*带回的那份玄奘顶骨舍利，先是供奉在东京增芝上寺，后被移转到琦玉县的慈恩寺。年，应台湾佛教协会向日本提出请求，日本供奉的玄奘顶骨再分出一份送到台湾供奉。
再后来，日本剩余的玄奘顶骨又分了一份，这份被送到日本奈良新建的三藏院。我们来总结下，目前世界上共存有8份玄奘顶骨舍利，所在位置如下：成都1份、南京2份、台湾2份、印度1份、日本2份。
参考资料：《大唐大慈恩寺三藏法师传》、《旧唐书·列传第一百四十一》、《大唐西域记》