玉林禅师43岁那年，为母守丧期满。出关后立誓整顿禅门，作《丙申三誓》、《自励四誓》等文。玉林禅师前往理安，住持通问和尚的入塔仪式；被荆溪居士邀请住持磬山寺，玉林禅师坚决推辞。
顺治十三年丙申，师四十三岁。
是年，持草堂老人心丧期满，故佛诞小参有“三年不事事，强起答群贤”之语。师见法门上下相蒙，日趋日下，势不可以回挽，惟严慎门墙，拣别滥厕，为救时之一得，故有《丙申三誓》云：重佛祖慧命，故立此三誓：一、非透向上关者，即精明教理，誓不奖借。一、非透向上关者，即精通文学，誓不奖借。一、非透向上关者，即富有福德，誓不奖借。
又《自励四誓》：一、誓不与本分间隔，作一佛事，乃至一称一礼。一、誓不与本分间隔，为一人，乃至交一言。一、誓不与本分间隔，阅一书、作一字。一、誓不与本分间隔，一坐立，一谈笑。
阅《梦游集》，《题憨山大师示普瑞沙弥语》云：“明神宗朝依教修行善知识三：曰云栖、曰憨山、曰紫柏，皆行其所信，不行其所疑，如是自利，如是利他，愚智饮崇，古今瞻仰，是亦不为无补于法门矣！乃后之名利熏心者，造大妄语，动称悟道，上下相罔，卖拂卖衣，虽窃有佛祖儿孙之名，略无人天师范之实，一盲引众盲，相牵入火坑。自堕良重，何言利生？识好恶者，可不知所决择？”
是秋，往理安，为问和尚秉炬入塔。荆溪诸檀越请师主持磬山祖席，师辞。檀越皆先磬山弟子，长跪固请，师亦长跪固辞。
《梦游集》：明末高僧憨山德清的语录。
云栖、憨山、紫柏：云栖袾宏、紫柏真可、憨山德清，以及藕益智旭并称为“明代四大高僧”。原书作“紫栢”，今订正为“紫柏”。
大妄语：指欺世盗名，谎报自己修行的境界——未证言证，未得言得。
年，43岁。
这一年，为草堂缪太夫人守心丧三年期满，所以佛诞小参开示里有“三年以来无所事事，勉强起来回答群贤”的话语。
玉林禅师看见禅门上下互相蒙蔽，一天不如一天，趋势难以挽回。只有严格谨慎对待禅门出入资格，拣择辨别滥竽充数之辈，才能挽救时弊。所以，玉林禅师创作了《丙申三誓》，誓言说：
尊重佛祖慧命，所以立此三誓：如果不是通透根本的人，就算他精明理论，我也发誓不赞许他；如果不是通透根本的人，就算他精通文学，我也发誓不赞许他；如果不是通透根本的人，就算他富有福德，我也发誓不赞许他。
玉林禅师还立下《自励四誓》：发誓不与本份事有所间隔，比如在作佛事的时候，甚至一称名，一作礼；发誓不与本份事有所间隔，哪怕是只为一个人，甚至一句话；发誓不与本份事有所间隔，哪怕是看一本书，写一个字；发誓不与本份事有所间隔，哪怕是坐下站起，一次言谈，一次微笑。
阅读《梦游集》，创作了《题憨山大师示普瑞沙弥语》一文，文中说：“明神宗朝依教修行的大善知识有三位，分别是云栖大师、憨山大师、紫柏大师，都遵行正信的，而不是可疑的，按照佛法自利，按照佛法利他，古往今来，不论普通人还是修行人，都敬仰他们，他们佛门是有补益的。可惜，在他们圆寂后，佛门中利欲熏心的人，造大妄语，动不动号称自己悟道，从上到下互相欺瞒，将拂尘僧衣当成商品进行买卖，虽然窃据佛子佛孙的名头，却没有身为人天师的风范，就好比一个瞎子领着一群瞎子往前走，牵连着一起坠入火坑。自己都堕落了，还说什么利益众生呢？真正明白好坏的人，能不知道如何抉择吗？”
这一年秋天，玉林禅师前往理安，为通问和尚举火，住持了遗体入塔仪式。荆溪这个地方的居士们邀请玉林禅师留下来住持磬山寺祖庭，玉林禅师表示推辞。这些居士都是当年磬山圆修老和尚的弟子，都跪下来坚持邀请，玉林禅师也跪下来坚决推辞。