珠日寺位于四川省甘孜州色达县亚龙乡珠日神山脚下，珠日神山的主峰被四座山峰围绕，如同汉地的五台山，是十方诸佛菩萨加持和驻锡的道场，在密宗看来，珠日神山是普贤王如来的坛城，圆满具足一切寂猛本尊，也是一亿玛哈噶拉所在的护法神山，是一切三根本的总集之圣地。历史上有很多伏藏大师都曾经授记：在珠日神山脚下，将会建造起一座寺院——珠日寺，这里的修行人以闭关实修为宗风，未来将会不断涌现大圆满虹身的成就者。
作为极具加持力的修行圣地，珠日神山这座殊胜的坛城吸引着整个藏区的修行人，包括青海、康巴各地的高僧大德们，常年来此闭关实修。历史上有莲师二十五弟子之一的贝若扎那尊者、秋普多丹、一世敦珠法王、索南念扎尊者、法王如意宝等数不清的圣者都曾来此参访。他们有的闭关三年、有的闭关十年，有的甚至一辈子都在这里闭关修行，都获得了殊胜的成就。这也为珠日寺的建立和以实修著称的传统创造了殊胜的缘起。
珠日寺的历史可以追溯到年前，神山上显现有很多天然形成的山洞，可以供僧众们闭关修行。年左右，大伏藏师郭非帝顿，就在珠日神山上闭关修行，当时还没有形成完整的寺院形式，但是已有僧团组织，神山脚下各处都是修行者们搭建的白色帐篷。
真正开始建立珠日寺的是雍西桑秋多吉尊者，他最初在珠日寺修建了转经筒和觉姆寺院，之后开始按闭关中心、佛学中心建立寺院。自此珠日寺有了可记载的法脉传承，当时的僧人们大多在白色帐篷里学习和居住。同年，尊者又在色达县大章乡，修建了一个嘎让石刻基地，完整的雕刻了大藏经中的一部，历史也有据可查；
珠日寺第二任住持是大伏藏师康仓帝顿，他是一世敦珠法王的弟子；
第三任住持是一世瓦西索给仁波切，他的第二世是索给哲格仁波切，后受邀去了色拉寺。索给哲格仁波切的父亲是色达地区的索南诺若尊者，尊者最初修建了色达县的降魔塔。（降魔塔也称大白塔始建于年）
瓦西索给仁波切的第三世是大瑜伽士宁古仁波切，也是珠日寺第四任住持。他在珠日寺搭起了黑帐篷经堂，修建了庄园，也开启了在黑帐篷里传法、修法的传统。同时在珠日寺入口处和山腰上修建了两处玛尼石刻基地，现今珠日寺正在原址上进行修复和扩建；
年才旦喇嘛作为珠日寺第五任住持，对珠日寺做了新的规划，包括复修经堂、完善僧团和闻思道场等。年才旦喇嘛圆寂，圆寂之前特别交代弟子们，他圆寂的消息要保密一年，直到来年伏藏师桑昂丹增接任珠日寺住持时才可以公开。
年8月7日，伏藏师桑昂丹增受上师法王如意宝指派，由丹增洛若堪布、热桑堪布、伏藏大师多昂活佛等亲自护送，在珠日寺举行盛大典礼，正式接管珠日寺。作为珠日寺第六任住持，管理寺院至今。寺主桑昂丹增在管理寺院期间，复建了喇嘛经堂、觉姆经堂、闭关中心、教学中心等。修复了雍西桑秋多吉尊者兴建的转经筒长廊，正在修复和完善宁古仁波切兴建的两处石刻基地。
珠日寺也是蕴藏伏藏的宝地，是十三伏藏门所在地，历来就有很多高僧大德在此处开取了伏藏，有书藏、圣物藏、识藏等。待机缘成熟依此伏藏法，也可弘法利生圆满度化众生的事业。现有两处已开启的龙泉水伏藏供僧人们饮用。
珠日寺历史上流传下来的法器、古董等价值有六百多万，其中百分之七十，在年的大火中被烧毁。现仍留存有很多伏藏和古老的法器，比如铃、杵、法鼓、铜锣，还有流传下来的长矛等文物。
如此善妙缘起和多年佛法清净传承的历史，奠定了珠日寺在藏区的殊胜地位。其中的功德经年累月也讲述不尽，仅作此略传。
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